Jonathan Rhys-Meyers nasce a Dublino con il nome di Jonathan Michael Francis O'Keeffe, primogenito di quattro fratelli, viene al mondo con gravi problemi cardiaci, che fanno temere per la sua vita, costringendo la madre a ricoverarlo frequentemente in ospedale durante i primi anni di vita. Circa un anno dopo la sua nascita la sua famiglia si trasferisce nella contea irlandese di Cork. All'età di tre anni suo padre, John O'Keeffe, divorzia, lasciando da sola la moglie Geraldine Meyers, di cui Jonathan prenderà poi il cognome, a preoccuparsi per la salute del figlio e a crescere gli altri tre bambini più piccoli, Jamie, Alan e Paul.